肠道菌群移植又可叫做“粪菌移植”（Fecal microbiota transplantation，FMT），其定义是，将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。在国际合作组对此词进行统一之前，也被少数人称为Fecal transplantation、Fecal bacteriotherapy和Intestinal microbiota transplantation，少数情况下被译为“粪便移植”、“粪菌治疗”和“肠菌移植”或“肠微生态移植”。

粪菌移植(fecal microbiota transplantation,FMT) 作为重建肠道菌群的有效手段，已用于难辨梭状芽孢杆菌 (Clostridium diffcile) 感染等多种菌群相关性疾病的治疗和探索性研究，并被认为是近年的突破性医学进展。然而，这不是一项单纯的技术，而是一种体系。如果假设该体系健全，而且假设 FMT 最终被证明可以用来有效治疗特定状态 ( 或特定类型 ) 的难治性肠道感染、难治性炎症性肠病、癫痫病、肝病、肿瘤合并的肠道疾病、糖尿病合并的神经病变以及自闭症合并的过敏症等 ( 统称肠道菌群相关性疾病 )，那么，这在医疗技术类型和学科分类构架中又如何定位 FMT 呢？更重要的是，在中华粪菌库紧急救援计划从2015年起实施之后的 1 年中，获得异地救治的患者数量远远不足实际需求的数量，关键的困难不是 FMT 的本身价值，而是很多医生还不相信 FMT，甚至无法理解 FMT。要促进 FMT 体系的认知和应用，利用整体整合医学 ( 也称整合医学 ) 概念 可能是重要的出路。